L’insediamento umano in Puglia risale almeno a 250.000 anni fa, come testimoniano i resti fossili del cosiddetto Uomo di Altamura (forma di Homo neanderthalensis). Numerosi sono i reperti di epoca preistorica ritrovati durante gli scavi archeologici, tra i quali i Menhir e Dolmen.
Intorno al I millennio a.C., si insediarono sul territorio i popoli dei Dauni, dei Peuceti e dei Messapi (probabilmente provenienti dall’Illiria); mentre, in epoca ellenica, numerose furono le colonie magnogreche soprattutto nella parte meridionale della regione, tra le quali la città spartana di Tarentum.
La potente Roma ben comprese l’importanza strategica dell’Apulia, ma l’occupazione della regione, nel III secolo a.C., non fu affatto a causa della resistenza di Tarentum e Brundisium. Solo successivamente fu istituita la Regio II Apulia et Calabria, che includeva anche il Sannio, una parte dell’attuale Molise e la Basilicata orientale. Con la costruzione della Via Appia e, in epoca imperiale, della Via Traiana, la regione occupo posizioni di primato nella produzione del grano e dell’olio, diventando la maggior esportatrice di olio d’oliva in Oriente.
La Puglia attraversò un lungo periodo di sofferenza con la caduta dell’Impero Romano d’Occidente. Molte e di differenti popoli furono le invasioni del territorio, ma alla fine divenne dominio dell’Impero Bizantino. Bari, cosi, divenne capoluogo di un territorio esteso sino all’odierna Basilicata e sottoposto all’autorità di un catapano (governatore bizantino).
Sia con i Normanni che con gli Svevi capeggiati dalla potente stirpe degli Hohenstaufen, la Puglia conseguì un grande progresso civile, politico e sociale che toccò l’apice con l’imperatore Federico II, cui si deve la realizzazione di una serie di edifici laici e religiosi di notevole valore artistico.
Tra il 1200 ed il 1400 la Puglia fu sotto la dominazione degli Angioini, nell’orbita del Regno di Napoli, a cui si sostituirono gli Spagnoli, che accentuarono il potere dei latifondisti sul territorio.
Furono i Borboni a riportare la pace, dopo anni di lotte per il potere.
Negli anni della dominazione francese (1806-1815), la Regione fu modernizzata attraverso una serie di leggi, l’abolizione del feudalesimo e le riforme giudiziarie.
I movimenti liberali (1820) si formarono in tutta la regione e videro il diffondersi della Massoneria e della Carboneria.
La costituzione del Regno d’Italia (1861), divise amministrativamente la Puglia nelle province di Foggia, Bari e Lecce, cui si aggiunsero nel Novecento le province di Brindisi e Taranto.
Durante il Fascismo la Puglia fu interessata da numerose bonifiche in vaste aree e, successivamente alla riforma agraria del secondo dopoguerra, la regione ha goduto di un complessivo sviluppo agricolo.
Negli anni Settanta e negli anni Ottanta del Novecento, l’economia della regione è passata dal settore primario a quello terziario, con un notevole sviluppo del settore turistico.
Nel 2004, infine, è stata istituita la Sesta Provincia pugliese, comprendente i territori di Barletta-Andria-Trani e dieci comuni scorporati dalle province di Bari e Foggia. Essa diventerà pienamente operativa con le elezioni provinciali del 2009.