La chiesa sorge a circa 3 Km. da Manfredonia e costituisce uno splendido esempio di architettura romanico-pugliese, con influssi islamici e armeni.
L’edificio, che si compone di due chiese sovrapposte, occupa una superficie quadrata di circa 18 m di lato. La chiesa superiore costituisce la Basilica vera e propria.
L’unica data documentata è il 1117, anno della solenne consacrazione e della reposizione delle reliquie di San Lorenzo sotto l’altare maggiore, dopo esser stata restaurata e risanata dalle ferite inferte in un passato tumultuoso fatto di incursioni slave, saracene e longobarde: dunque l’antica Basilica di Santa Maria, e non la “novella fabbrica, rampollo dell’antico duomo della vecchia Siponto” – menzionata nelle fonti per la prima volta solo nel 1508 – che corrisponde sicuramente alla chiesa che ancor oggi sopravvive, e che non poté fregiarsi del titolo di cattedrale se non assai tardi.
Essa, impostata tra XII e XIII secolo sull’impianto di un edificio preesistente appartenuto all’area dell’antico duomo, e destinata ad un tormentato iter costruttivo risoltosi nella somma di anomalie ed incongruenze costruttive che ancor oggi possiamo osservare, sorse forse come Cappella intitolata a S. Nicola: è la tesi suggestiva nata dalla rilettura delle fonti e da una serie di raffronti che coinvolgono fatti, personaggi e architetture dell’epoca, prima fra tutti la fabbrica barese di S. Nicola, la cui “cripta ad oratorio” (vasta aula indipendente estesa su un’ampiezza pari all’ambiente superiore) potrebbe aver fornito più di uno spunto nella fase di scavo della chiesa inferiore sipontina.
Essa fu consacrata, come si legge in una lapide commemorativa, il 23 giugno 1675 dal cardinale Vincenzo Maria Orsini.
La chiesa inferiore, o cripta, cui si accede attraverso una scalinata esterna, fu sistemata nel 1708 con i resti dell’antico e prestigioso Duomo sipontino. Così si legge in una lapide murata sulla porta.
Di particolare pregio risulta il portale, costituito da un insieme di archi,tutti finemente abbelliti a fogliame o a intagli geometrici e ben armonizzati fra di loro. Due di essi, sporgenti e sovrapposti, poggiano su mensole sostenute da colonne su leoni.
Sulle mensole due animali più piccoli. Altri due archi, incassati e rinsaldati, mostrano in tutta l’ampiezza le loro decorazioni su materiale più chiaro, conferendo all’insieme vivacità e movimento.
Ai lati del portale, due coppie di eleganti arcate cieche, nelle quali sono racchiuse, ad altezza d’uomo, quattro formelle quadrate finemente scolpite. Più in alto due finestre con le cornici simili a quelle delle formelle, ma di dimensioni maggiori. All’interno la volta a crociera poggia su quattro arcate ogive, sostenute da robusti piloni quadrati. L’effetto che ne deriva è sorprendente: la volta appare, di primo acchito, tutta sospesa sulle colonne e sembra muoversi verso l’alto, come attratta dal cielo. Un effetto di sicura ispirazione orientale che predispone al misticismo e trova il suo culmine nella bella cupoletta a lanterna proprio al centro della volta con otto eleganti finestrelle. L’altare centrale, di stile barocco, è stato sostituito da un sarcofago di marmo greco, rinvenuto dietro il vecchio altare e sormontato da una spessa lastra di pietra. Notevoli due absidi con monofore. Sulla parete di sinistra sono esposti frammenti di mosaici dell’attigua basilica paleocristiana.
La cripta è notevole per le venticinque volte quadrate a crociera e per gli archi a tutto sesto poggianti su venti colonne marmoree con capitelli di forme diverse. Si notano quattro grossi piloni circolari in pietra in corrispondenza di quelli della chiesa superiore.
Nella cripta vi era “la Sipontina”, una statua lignea del IV – V sec. conosciuta anche come la “Madonna dagli occhi sbarrati”: è un’antica statua, che rappresenta a grandezza quasi naturale la Madonna col bambino, in posizione frontale. E’ chiamata “Madonna dagli occhi sbarrati”, perché, dice la leggenda, costretta ad assistere ad un atto di violenza. Viene datata intorno al VI secolo; è conservata nel Duomo di Manfredonia.